Nació el 26 de Agosto de 1929 en Kot Harkarn en lo que en aquel entonces era el norte de la India antes de la partición y que ahora es Pakistan. Conocido por sus seguidores como: Siri Singh Sahib Harbhajan Singh Khalsa Yogui-ji. Es hijo primogenito y nació a una familia devota Sikh. Siempre dijo que en su infancia la persona que le inspiro más fue su abuelo Bhai Fateh Singh que le enseñó a ser una persona de rectitud.

Mientras estudiaba en los colegios, seguia su formación como yogui bajo la guía de Sant Hazara Singh que era Mastro de Yoga Kundalini y el entonces Mahan Tantrico (Gran Maestro de Tantra Blanco). A los diecisiete años Yogui Bhajan fue declarado como Maestro de Yoga Kundalini por su Maestro. Se recibió de Licenciado en Economía y Doctor en Psicologia. Se casó en 1953 con Sardarna Inderjit Kaur para vivir una vida de familia, juntos tuvieron una hija y dos hijos. Trabajó para el gobierno como oficial de aduanas y fue trasladado varias veces dentro de la India, en 1960 le asignaron un distrito alrededor de la ciudad de Amritsar. Durante su estancia ahí tomó la decisión de aprovechar esta oportunidad para limpiar los suelos de mármol del Harimandir Sahib, El Templo Dorado.

Como Sikh reconocía la importancia y especial significado del Templo Dorado pero por encima y más allá de ello, su búsqueda personal y espiritual le había demostrado que sólo a través de la humildad y la realización del servicio desinteresado podía encontrar la plenitud que andaba buscando. De manera que cada día durante 4 años y medio lavó los suelos del Harimandir Sahib y fue a través de este seva en la casa de su amado Guru que tuvo la realización de ser un hijo bendecido en la Casa de Guru Ram Das.

En 1969 llegó al Occidente para empezar su nuevo destino. Hasta entonces, el Yoga Kundalini se habia enseñado en secreto de maestro a discipulo y él decidió romper ese tabú y gracias a esa decición ahora todos podemos disfrutar de los beneficios de esta arte y ciencia. Era un importante interlocutor del papa Juan Pablo II y del Dalai Lama.

En 1971 se convirtió en el Mahan Tantrico y lider espiritual de los Sikhs en Occidente.

La era de acuario requiere que todo el conocimiento hermético salga a la luz para beneficiar a toda la humanidad. Desde entonces fue formando a sus discípulos para abrir ashrams y centros de Yoga Kundalini por todo el mundo.

Crea la Fundación 3HO cuyas siglas significan Healthy, Happy, Holy Organization u Organización de gente sana, feliz y espiritual, esa es la base fundamental de su trayectoria por el mundo con sus enseñanzas, crear un mundo de gente sana, feliz y espiritual para la era de acuario.

Falleció el 7 de octubre del 2004 en su hogar en Española, Nuevo México, pocas semanas después de cumplir los 75 años de edad.